上司と合わないということは、上司の何かしらの言動に苦手意識があるということだと思います。
しかし、もしかすると上司も気づいていないだけであって、指摘されたらその部分を直してくれる可能性もあります。
まずは他の先輩上司で相談できる人がいれば、話を聞いてもらうのがいいでしょう。
うまくいけば、あなたの代わりにその上司と話をしてくれるかもしれません。
相談できる人がいない場合には、その上司と直接話してみるのもありです。
直接話すのはちょっと勇気がいるかもしれませんが、何もしなければ現状が変わることはありません。
ほっといて上司がいきなり変わるなんてことにも期待はできません。
現職に拘りがなければ転職を視野に入れて活動しはじめるのもいいと思いますが、残りたい気持ちがあるのであれば、少しでも改善してもらえるように自分から動く必要があります。